Os escritos dos peregrinos da antiguidade indicam que o poço de Jacó foi situado dentro de igrejas diferentes construídas no mesmo local ao longo do tempo. Por volta de 330 DC, o local havia sido identificado como o lugar onde Jesus manteve sua conversa com a mulher samaritana e provavelmente estava sendo usado para batismos cristãos. Em 384 DC, uma igreja cruciforme foi construída sobre o local, e é mencionado nos escritos do século IV de São Jerônimo. Esta igreja provavelmente foi destruída durante as revoltas samaritanas de 484 ou 529. Posteriormente reconstruída por Justiniano, esta segunda igreja da era bizantina ainda estava em pé na década de 720, e possivelmente no início do século IX.
A igreja bizantina estava definitivamente em ruínas quando os cruzados ocuparam Nablus em agosto de 1099; Relatos do início do século 12 pelos peregrinos ao local falam do poço sem mencionar uma igreja. Há uns relatos mais do século XII de uma igreja recentemente construída no poço de Jacó. O primeiro relato definitivo vem de Theoderic, que escreve: “O poço … é uma meia milha distante da cidade de Siquém(Nablus): encontra-se na frente do altar na igreja construída sobre ele, em que as freiras se dedicam ao Serviço de Deus. Este poço é chamado a Fonte de Jacó. ” Esta igreja da era cruzada foi construída em 1175, provavelmente devido ao apoio da rainha Melisande, que foi exilada em Naplus em 1152, onde viveu até sua morte em 1161. Esta igreja parece ter sido destruída após a vitória de Saladino sobre os cruzados na Batalha de Hittin em 1187.
Acima, pintura de Dvid Roberts, século XIV
Em março de 1697, quando Henry Maundrell visitou o poço de Jacob, a profundidade da água que havia medido era de 15 pés (4,6 m). Edward Robinson visitou o local em meados do século XIX, descrevendo os “restos da antiga igreja”, situados logo acima do poço ao sudoeste como uma “massa informe de ruínas, entre os quais se vêem fragmentos de cinza, colunas de granito, ainda no seu seu antigo polimento “. Os cristãos locais continuaram a venerar o local, mesmo quando ele estava sem uma igreja. Em 1860, o local foi obtido pelo Patriarcado Ortodoxo Grego e uma nova igreja, consagrada a São Photini o Samaritano, foi construída pouco depois; Um terremoto de 1927 destruiu esse edifício.
Desde a ocupação israelense da Cisjordânia, o Poço de Jacó tem sido um local de disputa entre cristãos e judeus. Em novembro de 1979, uma semana depois que um grupo sionista chegou ao mosteiro afirmando-o como um lugar sagrado judaico e exigindo que toda a iconografia religiosa fosse removida, o guardião do poço, o arquimandrita Philoumenos, foi encontrado morto dentro da cripta que abriga o poço. Em 2009, o Patriarcado Ortodoxo Grego de Jerusalém declarou-o um santo trinta anos depois do seu martírio.
O poço de Jacob foi restaurado desde então e uma igreja nova modelada ao longo dos projetos da igreja da era dos cruzados, e abriga o poço dentro dele, em uma cripta em um nível mais baixo.
As tradições judaicas, samaritanas, cristãs e muçulmanas associam o poço a Jacó. O poço não é especificamente mencionado no Antigo Testamento, mas Gênesis 33: 18-20 afirma que quando Jacó retornou a Siquém de Padã Aram, ele acampou diante da cidade e comprou a terra em que ele colocou a sua tenda e ergueu um altar. Os eruditos bíblicos afirmam que a terra é a mesma sobre a qual o Poço de Jacó foi construído.
O Poço de Jacó é mencionado pelo nome uma vez no Novo Testamento em uma passagem (João 4: 5-6) que diz que Jesus “veio a uma cidade de Samaria chamada Sicar, perto do campo que Jacó deu a seu filho José”. O Evangelho de João continua a descrever uma conversa entre Jesus e uma mulher samaritana (chamada Photini na tradição ortodoxa), que teve lugar enquanto Jesus estava descansando no poço depois de uma jornada cansativa. (João 4: 7-15), o local também é considerado como um local sagrado cristão.